相关文章

光荚含羞草基因组-文献精读26

Haplotype-resolved genome of Mimosa bimucronata revealed insights into leaf movement and nitrogen fixation 光荚含羞草单倍型解析基因组揭示了叶片运动和固氮的相关机制 摘要 背景 光荚含羞草起源于热带美洲,具有独特的叶片运动特征,其运动速度…

QIIME 2教程. 21进化树q2-phylogeny(2021.2)

使用q2-phylogeny进行系统发育推断 Phylogenetic inference with q2-phylogeny https://docs.qiime2.org/2021.2/tutorials/phylogeny/ 开始本节分析前,我们假定你已经完成了前面内容的学习。 在QIIME 2中可用的几个下游多样性指标要求使用正在研究的操作分类单位&a…

Anaconda的安装、配置与使用conda安装软件

利用conda快速安装软件 安装软件与使用软件是计算生物学需要掌握的技能,大部分的软件都是命令行软件。早先的时候安装软件特别麻烦,现在出了很多自动安装软件的框架,例如conda。起初这个框架只是为了方便安装Python 版本与Packages&#xff…

iMeta | 兰州大学张东青年研究员:使用PhyloSuite进行分子系统发育及系统发育树的统计分析...

点击蓝字 关注我们 使用PhyloSuite进行分子系统发育及系统发育树的统计分析 iMeta主页:http://www.imeta.science 方 法 ● 原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.87 ● 2023年2月16日,兰州大学张东团队在 iMeta 在线发表了题为“Using PhyloSuit…

生信软件安装手册

很多生信软件都可以通过conda安装,省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件,conda一行命令就搞定了 一:安装conda 1:介绍 conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本,miniconda…

MAFFT多重序列比对--(附比对彩标方法)

[转记]MAFFT多重序列比对图解教程 【絮语】 一提到多重序列比对,很多人禁不住就想到ClustalW(Clustalx为ClustalW的GUI版),其实有一款多重序列比对软件-MAFFT,不论从比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee),还是比对准确性(MAFFT>Muscle>T-Coffee&…

MAFFT多重序列比对图解教程

【絮语】 一提到多重序列比对,很多人禁不住就想到ClustalW(Clustalx为ClustalW的GUI版),其实有一款多重序列比对软件-MAFFT,不论从比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee&#xff…

构建系统发育树~序列对比 MEGA、MAFFT(图文教程)

前言 构建进化树的流程为:整合各个基因文件到一个fasta文件中→进行序列对比→建树。序列对比是构建进化树的基础,主要是为了确定所有序列的同源位点能相互对应。 一、MEGA进行序列对比 刚开始最先使用的序列对比软件是MEGA7.0,首先点击Alig…

使用mafft进行多序列比对

欢迎关注”生信修炼手册”! 对于几千条序列的多序列比对,无论是从准确度还是运行速度上考虑,muscle通常都是最佳选择。但是muscle 的内存优化做的并不好,如果所需内存超出了机器内存,此时可以考虑mafft 这个工具。官网如下 https:…

clustalw序列比对_生信学习笔记——Python+Mafft实现批量化多序列比对

Mafft介绍 一提到多重序列比对,很多人禁不住就想到ClustalW(Clustalx为ClustalW的GUI版),其实有一款多重序列比对软件-MAFFT,不论从比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee),还是比对准确性(MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW)来说,其相比于Clus…

生信软件,就是赢家通吃:最佳生信比对软件

在生物信息学中,比对软件是解析和处理生物序列数据的核心工具。它们广泛应用于基因组学、转录组学以及蛋白质组学研究中。今天,我将带大家了解几款常用的比对软件,分析它们的功能特点、优缺点,以及它们在不同研究场景中的适用性。…

MAFFT安装及使用-mafft v7.520(bioinfomatics tools-004)

生物序列数据分析是生物信息学的核心任务,是了解生物大分子结构和功能、生物进化历程中联系和差异的主要途径。由于测序技术迅猛发展,产生了大量的核苷酸等生物序列数据,同时随着千人基因组和地球生物基因组计划的开展,越来越需要…

生信步骤|MAFFT结合HMMER进行多序列比对和基于隐马模型的基因搜索

蛋白质都是由相似的小型结构域组成的。如果我们有若干个已知的蛋白序列,那我们就可以根据这些蛋白序列比较其含有的保守域,寻找在蛋白数据库中上是否也有一样保守域的蛋白。而后根据统计学模型,将显著性较高的蛋白序列预测为同一类基因家族蛋…

多序列比对算法MAFFT以及HMMER和profile文件的使用

最近需要将蛋白质建模与虚拟筛选结合起来使用,要做的笔记可能会有点杂,有些可以拿来参考的。 一、多序列比对算法MAFFT 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多,有文献报道:比对速度&…

[蓝桥杯] 36进制 (Python 实现)

题目: 代码: #36进制 #M22, A10, N23, Y34 res 22 * 36**3 10 * 36**2 23 * 36**1 34 * 36**0 print(res)结果:1040254

SQLi LABS Less-36 报错注入

「作者简介」:冬奥会网络安全中国代表队,CSDN Top100,就职奇安信多年,以实战工作为基础著作 《网络安全自学教程》,适合基础薄弱的同学系统化的学习网络安全,用最短的时间掌握最核心的技术。 第三十六关注入…

mysql-5.7.36压缩包安装图文教程

1. 卸载 1.1 关闭服务 管理员身份运行 cmd,使用命令 net stop mysql,停止服务。 1.2 卸载服务 使用命令 mysqld -remove mysql 卸载服务。 1.3 删除文件 将mysql安装的文件夹删除 1.4 清除注册表信息 运行WinR,输入 regedit &#xf…

打印36进制的条码序列号

打印36进制的条码序列号 客户需求操作步骤客户需求 打印流水码,流水码长度为4,前缀为AAA,后缀为BBB,流水码的内容从0-9,A-Z依次增加,最大值为ZZZZ。 操作步骤 步骤1:依下图所示,增加一个序列号,根据客户需求设置序列号的属性。需要注意的是最大值为ZZZZ,以及数值类…

找不到d3dx9_36.dll解决方法

其实很多用户玩单机游戏或者安装软件的时候就出现过这种问题,如果是新手第一时间会认为是软件或游戏出错了,其实并不是这样,其主要原因就是你电脑系统的该dll文件丢失了或者损坏了,这时你只需下载这个d3dx9_36.dll文件进行安装(前…

python报错:torch-0.4.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl is not a supported wheel on this platform.

出现报错:torch-0.4.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl is not a supported wheel on this platform. 1.查询自己的支持类型 步骤如下:1)打开cmd,输入:①import pip ②print(pip.pep425tags.get_supported()) 我的电脑用这…