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基于vegan包对otu表抽平——微生物抽平
抽平：指按照一定数量或样本序列最低数量，将所有样本的序列随机抽取至统一数据量。
简单地说，就是在不同的样本测序数据有差距的时候，保证样本测序序列的均一性。
使用vegan包抽平：
数据准备：准备一个otu…
利用Excel处理OTU表
1 OTU表数据一维化（使用excel2016版本以上）
现在的数据有2个维度，OTU和样本，接下来我们要把维度降低到一维，只保留OTU这个维度，原样本信息以数据标签的形式标注在值的后面。
选择数据→从表格，…
ODU帧转OTU帧流程
OTN协议G.709中详细介绍了otu的映射复用等协议，这里简单记录一下ODU到OTU的同级帧映射，不包括低阶ODU到高阶ODTU的支路映射
ODUk帧转OTUk帧
插OH，FA OH和OTUk OH；扩展FEC，38242564080（RS（255,…
Mothur5进阶_Mothur扩增子基因序列分析_基于OTU或ASV的多样性指数分析
本文主要讲解了使用Mothur软件对扩增子基因序列基于OTU或ASV进行多样性指数分析。
01文件名称的再处理
当比较早期和晚期样本时，最初的问题与这些样本的稳定性和群落结构的变化有关。组名是F或M（动物性别），然后是数字࿰…
DESeq2筛选差异OTU及绘制火山图
1.DESeq包安装
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
BiocManager::install("DESeq2")
library(DESeq2)
2.数据准备
共需要两份数据文件
a.OTU丰度表格，otutab.txt；(每一列为一个样本，每一行为一种…
16S扩增子Qiime2。从fq，fastqc等格式文件到OTU table（更详细）
平台：Ubuntu Linux平台上进行。
在进行16S扩增子实验前，我们需要安装好fastqc，相关教程在我的其他文档，如：在Linux中的qiime2。安装一天的fastqc，找到最好的解决办法-CSDN博客
一、文件要求：1…
R语言计算并合并各物种的OTU数量
使用R语言快速根据不同物种分类对OTU进行合并计算，今天借助R语言中dplyr包及aggregate函数的肩膀，重新编写了一个简易的一键式函数，可以快速帮助大家完成不同分类，单分类，多分类的OTU一键合并，欢迎大家建议…
注释表中提取特定的OTU注释行
起因是笔者选取了otu table中的部分otu，另外有全部otu的注释表(taxonomy)，有些分析需要保证otu table中的otu数目和taxonomy中otu数目一致，不然就会出现以下报错 接下来是我原始的数据格式
otu table taxonomy表格 所以目的就是筛选taxonomy…
252体现组间差异OTU模块的微生物网络图
252体现组间差异OTU/模块的微生物网络图 本节作者：李雨泽 西北农林科技大学 版本1.0.4，更新日期：2020年8月23日 本项目永久地址：https://github.com/YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot ，本节目录 252NetworkModule&#x…
Mothur6_基于OTU的分析
本文主要介绍生物信息学软件 Mothur基于OTU的分析流程。
数据分析
接下来实际分析数据。关注基于OTU的数据集，与使用ASV或phylotypes进行的分析基本相同。另外，请记住，当比较早期和晚期样本时，最初的问题与这些样本的稳定性和群…
OTN关联开销（电层开销）OTU开销ODU开销OPU开销
目录
1、OTN帧开销总览：
2、OTN帧细节展开
2.1、OTU帧定位信号
2.2、OTU开销 (绿色部分)
2.2.1、OTU开销之段监测SM：
2.2.2、OTU开销之GCC&OSMC&RES：
2.3、ODU开销 (红色部分)
2.3.1、ODU通道监视（PM）开销（复帧结构）
2.3.2、ODU开销之PM&TCM
2.3.…
NAR：扩增子OTU聚类软件SeekDeep方法解读
本文转载自"生信算法"，已获授权 微生态种群研究中，16S rRNA是细菌分类研究中最有用和最常用的标签序列，可以很容易地通过测序技术得到序列，故被广泛应用。基于16S序列的微生物多样性分析也是宏基因组领域的重要研究内容…
测序数据分析之OTU
1. OTU（Operational Taxonomic Units）操作分类单元：是在是在系统发生学研究或群体遗传学研究中，为了便于进行分析，人为给某一个分类单元（品系，种，属，分组等）设…
pandoc文件互转
前言
pandoc是一款强大的文档转换工具，本文将为大家介绍一下使用此工具可以进行相互转换的文件格式。 ps：只是小编自己使用过的少数几种，其他的没试过或者有的效果不是很好，例如word转html也是可以实现的，不过没有此文…
centos安装pandoc
1、首先从官网下载安装包(Release pandoc 3.1.6 jgm/pandoc GitHub) 2、上传到服务器(这里放到 /root目录下了)，进行解压
tar -zxvf pandoc-3.1.6-linux-amd64.tar.gz，解压后的文件 3、然后使用命令
ln -s /root/pandoc-3.1.6/bin/pandoc /usr/bin/p…
Pandoc简单使用
pandoc简单使用 pandoc简介
Pandoc是由John MacFarlane开发的[标记语言]转换工具，可实现不同标记语言间的格式转换，堪称该领域中的“[瑞士军刀]。 大白话就是将文档从一种格式转换为另外一种格式。因支持转换的格式众多，也被大伙称为【万能转…
Pandoc文档转换工具Windows x64安装程序下载
本文还有配套的精品资源，点击获取 简介：Pandoc是一款功能强大的文档转换工具，支持多种文档格式之间的转换，包括Markdown、HTML、LaTeX、PDF和Word文档等。版本号 . . .*表示它是一个稳定更新的版本。本安装程序适用于64位Wi…
Mac卸载Pandoc
在用Typora导出word时提示需要安装Pandoc，Pandoc有两种安装方式，第一种是通过安装器安装 第二种方式是使用brew
brew install pandoc但如果你使用第一种方式安装了，但想卸载了使用第二种方式安装，该怎么卸载呢？
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