最近在读一本书就是上图这货，汪曾祺谈吃。 每天早晨坐大巴来公司路上，尚未吃早饭，来上一篇，足以让我流一路的口水。 今天看到的一篇是《豆腐》，这是目前为止我看到篇幅最长，吃法最多的吃物了，…

导读 使用clusterprofiler R包做完富集分析后，可以使用cnetplot绘制一个cnet图，默认是top5的条目作图。本文展示了如何使用微生信平台绘制自定义条目的cnet网络图。 clusterProfiler 是一个在生物信息学领域广泛使用的R包，它提供了多种功能来…

原文教程：我5分钟做了模式植物的GO和KEGG富集分析，并创建了orgDb数据库 一边学习，一边总结，一边分享！ 本期教程 获得本教程Data and Code，请在后台回复：20240811。 2022年教程总汇 2023年教程总…

KEGG的简介 KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。与其他数据库相比，KEGG 的一个显著特点就是具有强大的图形功能&…

“大数据”、“组学”、“数据挖掘”是近几年来我们经常听到的词汇，科研工作中也经常用到二代测序，不管送哪家测序公司进行测序或数据分析，结题报告中都会看到一个标准的分析套路：功能富集分析。 说起功能富集分析，想必大家并不陌生，但要表述一下它的定义，又很少有人能回…

点击蓝字 关注我们 前几天和大家介绍了一下GEO数据库以及使用GEO2R进行差异表达分析GEO2R差异表达分析软件。几乎现在的套路性文章在做完差异表达分析后，都会去做GO和KEGG富集分析。那么GO和KEGG都是什么？富集分析又是个什么东西呢？ 01 为什么做富集分析？ 在我们进行…

富集分析简介 富集分析（Enrichment Analysis）是生物信息学研究中最常用的统计方法，主要应用于分析高通量实验（如基因芯片、RNA-Seq、蛋白质组学等）所获得的基因或蛋白质表达数据。其目的是发现在特定生物学条件下&…

文章目录 一、介绍二、KEGG的数据库构成三、KEGG PATHWAY 数据库1. 参考通路图 (map)2. 物种特异性通路 (org)3. 直系同源物通路 (ko)4. 酶通路 (ec)5. 反应通路 (reaction) 四、KEGG ORTHOLOGY（KO）数据库 一、介绍 在进行生物学实验或者生物信息的学习…

使用KAAS做KEGG注释 标签： KEGG， RNAseq， bioinformatics 什么是KEGG 中文名: 京都基因与基因组百科全书 外文名: koyto Encyclopedia of Genes and Genomes 简介 准备工作 蛋白质序列 cottonFGD提供各个棉种的protein sequence 自己的邮箱 步骤 对于已知基因组的物种进行全…

主要采用clusterProfiler包来进行富集，首先贴一个官方说明clusterProfiler。 在推荐一个clusterProfiler的文章，各种参数都讲的很详细：搜狗搜索引擎 - 上网从搜狗开始.. 富集可以有不同的参考基因组，Bioconductor - BiocViews这个网站可以查看有哪些物种的参考基因组，并有…

8种机械键盘轴体对比 本人程序员，要买一个写代码的键盘，请问红轴和茶轴怎么选？ 一、KEGG简介 KEGG is a database resource for understanding high-level functions and utilities of the biological system, such as the cell, the organism and the ecosystem, from mole…

做完通路富集分析，拿到几十条富集通路后，我们经常会寻找与“某关键词”相关的通路。例如与癌症相关的通路，与免疫相关的通路，与代谢相关的通路等等。单纯从名字来看，面对几十甚至上百个英文通路名，一时半会…

写在前面 这个其实很简单啦！三个R包可以搞定的事情。 三个包分是：clusterProfiler，pathview，org.Hs.eg.db。 clusterProfiler，pathview两个包用于绘图，org.Hs.eg.db是用于clusterProfiler注释的人类的数据库。 先说安装，我这里是R-3.4.4的版本，用如下的安装方式，3.5+版…

1 什么是GO？什么是KEGG？ GO(Gene Ontology，基因本体论)是基因本体论联合会建立的一个数据库，旨在建立一个适用于各种物种的、对基因和蛋白功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。GO注释分为三大类，分别是：分子生物学功能(Molecular Function…

文章目录 前言一、GO和KEGG1. **GO 富集分析：**2. KEGG 富集分析： 二、使用步骤1.数据处理2. GO分析3.KEGG富集 总结 前言 GO（Gene Ontology，基因本体）富集和 KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genom…

有关KEGG的分析在很多已发表的论文中都十分常见，涉及到的方向也很广泛，比如：代谢组、表观组、转录组等等。通常得到相关的基因集或者代谢物后，我们都希望能够快速了解它们的蛋白功能和涉及的调控机制，从而进一步锁定接…

摘要 偏标记学习（PL）是一种新的弱监督机器学习框架，它解决了每个训练样本与其实际标签的候选集相关联的问题。由于精确标记的数据通常昂贵且难以在实践中获得，PL可以广泛应用于许多实际任务中。然而，由于训练数据的模…

在我的网页中，我有多个锚定标记，并且我已经指定它们在单击时滚动到页面的顶部。我将如何让它们向上滚动，然后按照该顺序重定向到href中的页面？给一个锚定标记多个功能 - HTML HTML Heydər Oğuzun Rəsul Quliyevlə Msahibəsi …

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Im trying to convert JSON to a table, but it doesnt. Everything seems fine, but I cannot see the values ​​in my table. My code that converts JSON to table: $(function() { var my_data ; $.each(JSON.parse(sonuc.response) , function(key, item){ my_data ; …