GWAS 1. 使用bcftools对vcf文件创建索引index bcftools index ${out}.vcf.gz 2. bcftools isec 计算不同vcf之间的突变的交集 bcftools isec -n~111 -c all -p merge bbj-a-107.vcf.gz bbj-a-76.vcf.gz ieu-b-4965.vcf.gz会创建一个merge文件夹，并且该文件夹下有s…

数据质控、质检是所有生信分析必不可少的步骤，GWAs分析的质控大抵可分为7个步骤：控制检出率（Missing）、剔除性别错误（Sex Discrepancy）、控制次等位基因频率（MAF）、去除反哈达——温…

4. GWAS分析介绍 大家好，我是飞哥。 前几天推荐了这本书，可以领取pdf和配套数据代码。这里，我将各个章节介绍一下，总结也是学习的过程。 引文部分是原书的谷歌翻译，正文部分是我的理解。 第一部分基础，…

生信碱移 locuszoomr可视化GWAS结果 locuszoomr 是由伦敦玛丽王后大学的研究者开发的R包，允许用户生成出版级别的基因组位点注释图，这可以用于可视化并解读 GWAS 分析结果。由 locuszoomr 生成的基因位点注释图通过 R 基础图形或 ggplot2 生成&#xf…

数据文件下载，输入下行命令直接克隆即可。 git clone https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial.git 就会下载4个Tutorial的文件： 1_QC_GWAS.zip 2_Population_stratification.zip 3_Association_GWAS 4_ PRS.doc 前三个过程必须按顺序跑完&…

主要介绍 --geno筛选SNP；--mind筛选样本 GWAS分析时，拿到基因型数据，拿到表型数据，要首先做以下几点： 1，查看自己的表型数据，是否有问题2，查看自己的基因型数据，是否有问…

Hough变换： 原理：将一个空间映射到另一个空间。这里是将X，Y空间映射到R,Φ空间。看下图：左图是X,Y空间的直线，该直线方程：ykx b，确定方程的参数k,b也可以组成一个空间，这个空间中的…

一、原理 引用 hough变换利用点、线对偶的思想，把提取图像空间中直线的问题转换成在参数空间/hough空间中计算点的峰值的问题。 在x − y坐标系中，假设有一条直线过点( x0 , y0 )，那么我们可以把这条直线的方程记为 ymxb（1&#…

原创文章，转载请留言，注明出处 首先简要介绍一下什么是霍夫变换，以及它可以实现什么。霍夫变换最早用于提取图像中的直线，后来经过不断的改进，已经可以用来提取圆，正方形等简单的线条或形状。下面的介绍主要…

VoteNet网络中会用Deep Hough Voting，所以先来学习一下Hough Voting。 正文开始 hough变换算法 1、算法思想 霍夫变换于1962年由Paul Hough 首次提出，后于1972年由Richard Duda和Peter Hart推广使用，经典霍夫变换用来检测图像中的直线&…

参考： https://blog.csdn.net/qq_15971883/article/details/80583364 MATLAB帮助文档 Hough变换是一种使用表决方式的参数估计技术，其原理是利用图像空间和Hough参数空间的线-点对偶性，把图像空间中的检测问题转换到参数空间中进行。 利用Hough变换检测直线 记住：直角坐标…

文章目录 代码skimage.transform.hough_line 本来想偷懒不记录的, 但是这个Hough Transform实在是有趣. 通过Canny算法等将edge的大体部分检测了出来, 但是往往这些检测出来的点并不是连续的, 那么怎么才能将这些点合理地连接在一起呢? 这个Hough Transform就可以做到这一点. …

Hough 变换是图像处理中，检测直线最基本，也是应用最广泛的一种传统方法。虽然现在是深度学习大行其道的时代，但是很多传统的算法，依然有其参考的价值所在，至少从数学表达上来看，是更加的简洁，有…

使用Hough变换检测直线 flyfish 函数实现 int detect_line(cv::Mat &src, int threshold, std::vector<cv::Vec2f> &lines) {cv::Mat dst src.clone();cv::Canny(src, dst, 50, 200, 3);cv::HoughLines(dst, lines, 1, CV_PI / 180, threshold); // 像素, 弧度…

文章目录 霍夫变换方法的目标，图像准备直线表示从图像空间映射到霍夫空间寻找霍夫线霍夫线参数用 Python 实现示例结果霍夫变换 它在许多计算机视觉应用程序中非常有用。霍夫变换的原始形式旨在识别直线。这就是我今天要解释的内容。此外，该技术后来被推广到检测其他形状，如…

智能2112杨阳 一、目的 熟悉在MATLAB中如何使用Hough变换对图像进行检测&#xff0c;计算获得矢量化的边缘特征。 二、平台 MATLAB 三、内容 1、要求 选取一副图像(如房屋图像)&#xff0c;利用hough变换检测&#xff0c;计算获得矢量化的边缘特征。 2、思路 首先先将彩…

霍夫变换Hough 霍夫变换(Hough)是一个非常重要的检测间断点边界形状的方法。它通过将图像坐标空间变换到参数空间，来实现直线与曲线的拟合。 1.直线检测 1.1 直线坐标参数空间 在图像坐标空间中，经过点的直线表示为： 通过的直线有无数条，且对应于不同的值。 如果将和视…

文章目录 SyntaxDescriptionExamples输入参数输出参数算法 Syntax [H,theta,rho] hough(BW) [H,theta,rho] hough(BW,Name,Value)Description [H,theta,rho] hough(BW) 计算二值图像 BW 的标准 Hough 变换 (SHT)。hough 函数旨在检测线条。 该函数使用线条的参数化表示&am…

作者&#xff1a;云外阳光 链接&#xff1a;https://www.zhihu.com/question/35268803/answer/82100453 来源&#xff1a;知乎 著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权&#xff0c;非商业转载请注明出处。 1. 霍夫变换的原理 在数字图像中&#xff0c;往往存在着一些…

作者&#xff1a;云外阳光 链接&#xff1a;https://www.zhihu.com/question/35268803/answer/82100453 来源&#xff1a;知乎 著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权&#xff0c;非商业转载请注明出处。 先组略的答一下&#xff0c;待整理&#xff1a; yk*xb形式的直线…