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bioperl 自动化下载genbank 中的序列
当我们想要从genbank 中下载序列的时候，总需要点击右上角的download 按钮，选择对应的格式，然后通过浏览器进行下载，这样反复的点击很费时间了 其实可以通过bioperl 自动化的完成下载； 代码如下： #!/usr/bin…
【UCSC Genome Browser】Genes and Gene Predictions - GENCODE
【UCSC Genome Browser 大乱炖】Genes and Gene Predictions - GENCODE GENCODE 是Sanger研究院维护的基因组功能注释数据库（https://www.gencodegenes.org），UCSC浏览器整合了这一数据库，方便研究人员对基因信息进行研究。
GENEC…
 格式转 GFF (*.gff)格式)
GenBank (*.gb, *.gbk, *.gbff) 格式转 GFF (*.gff)格式
GenBank 格式是 NCBI 开发的一种能同时包含序列信息和注释信息的文件格式，一般后缀为 .gbff。 NCBI Genome 中 GBFF 的下载选项标题 GFF 格式是更为通用的基因结构注释文件格式，一般仅包含基因结构的位置信息，常见后缀为 .gff、.gff3 。 在…
NCBI Genbank核苷酸序列数据库检索基因序列解读
核酸数据库
Genbank数据库=Nucleotide数据库
（一）基因序列注释内容解析
以dut基因编码的大肠杆菌酶dutpase为例；在Nucleotide数据库search X01714或者dutpase，检索链接https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/x01714；得到以下信息。
1.Locus Locus：编号 长度 分子类别…
一文读懂 UniProt 数据库（2025 最新版）
一、UniProt 数据库介绍
Uniprot （Universal Protein ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB࿰…
为基因序列片段在NCBI的GenBank数据库申请登录号
本文详细地介绍了如何为一个基因序列片段在NCBI的基因数据库GenBank上申请登录号。
微生物领域的研究者或许都有接触过菌的纯化培养，当培养出一个非常符合预期的菌，你一定会迫不及待地想知道这菌是一个什么属或什么种，或许还想为这菌的基因序…
【typedb】例子：药物发现
typedb-examples/drug-discovery/ Drug discovery监听0.0.0.0:1729 但这么连接肯定不行： localhost:1729 可以： 一直无法点击schema图标：先创建一个数据库 选中数据库：
Kaggle生物信息学挑战：酶稳定性预测大赛
背景介绍
酶的稳定性是影响其实际应用的关键因素之一。通过定点突变可以改善酶的稳定性,但实验筛选稳定性突变体的成本较高。预测突变对酶稳定性的影响,加速筛选稳定性更高的酶突变体。
概念解释 X 残基：假设 它用 红色表示 ， Y 残基：假设…
已知基因名，如何在genbank中查询基因序列？
以人类YBX1为例，首先进入NIH官网，如下图，database选择gene，在输入框中输入自己需要找的基因名，点击搜索。 搜索后在下方search result中会显示很多结果，分别是不同物种的。点击人类的YBX1进入详情页面。 进…
GenBank数据格式
GenBank数据格式
以酿酒酵母TCP1β基因，部分编码区为例：
关键字表 关键字说明LOCUS【标记（简单描述）】：名称，长度，分子类型，数据分类（见下文），最后一次修订时间DEFINITION【定义】：物种/基因/蛋白质名称，编码区or非编码区，全序列or部分序列ACCESSION【检索号】…
生物信息中的Python 05 | 从 Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序列
1 介绍
在基因结构分析或其他生物功能分析中会时常用到 CDS 序列，以及其他诸如 mRNA 序列，misc RNA序列等具有生物意义的序列片段。而NCBI 的基因库中已经包含有这些的信息，但是只有一部分是整理可下载的。而剩下的一部分可以通过 genbank给…
Python之Biopython解析.genbank 文件比较序列
工作中需要频繁比较两条极其相似的 DNA 序列以寻找差异。由于肉眼比对过于耗时和费力，写了一个自用的方法。
代码如下:
from io import StringIO
from Bio import SeqIOdef extract_sequence_from_genbank(genbank_data):gb_file_like StringIO(genbank_data)for…
解决方案：Oracle导入DMP文件后，注释和CLOB字段乱码
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> 这两天在公司，遇到奇怪的问题： 从一个oracle数据库导出带有CLOB字段表的DMP文件，然后再导入进另一个Oracle数据库，数据中除了CLOB字段中的中文，其他都是正常的…
JAVA中使用代码创建多数据源，并实现动态切换（一）
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> 2017-06-06 11:31:57补充：近日，在本文的基础之上，扩展了下，使用atomikos来管理事务，保证多数据源操作时，事务一致性。（https://my.oschi…
Struts 利用 Json数据实现 Ajax
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Struts2+Jquery实现ajax并返回json类型数据
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电影：美国队长：复仇者先锋
简 介：漫威的“美国队长：复仇者先锋”专注于漫威宇宙的早期，当时史蒂夫罗杰斯自愿参加一个实验计划，这个计划将他变成了被称为美国队长的超级士兵。 OVERVIEW：Marvel’s “Captain America: The First Avenger” focuses on the early days of the Marvel Universe when S…
C primer plus 第三章课后复习题与编程练习答案笔记解释整理
复习题：
1：
a:st Simpleton 的人口是一个整数，考虑到人口规模，应当使用32位的int类型表示。此外，也可以使用无符号整型数据，不建议使用16位数据进行表示，否则将会产生溢出。
b：DV…
JAVA中使用代码创建多数据源，并实现动态切换（二）-集成分布式事务
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> 2017年8月16日11:45:39更新：这里贴出我自己写的一个demo，放在CSDN上了。http://download.csdn.net/download/llzhaoyun/9912658 前面写了一篇关于使用Spring druid Mybatis配置多数据源…