0. PfamScan简介： PfamScan是根据Pfam HMM对蛋白质序列进行蛋白家族及结构域的注释的一个工具。 网页端：https://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/pfamscan/ 本地版：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/Tools/ 注：因为我只是临时用…

基因家族分析笔记-全部开始记录 一、 写在前面 2023年4月中旬自己开始做基因家族的分析，对于这块自己没有接触过，因此也是一个挑战，没事！！！（安慰自己），对于基因家族的分…

#编者按 本人为一名2025届毕业的农科生（写这篇文章的时候是大四）。从大二开始，在各种平台学习家族分析，因为是丐版Macbook 8G M1，真的踩过不少坑。专门重新写一个适合我们本科生阅读的家族分析教程，很多同…

#进行功能注释时，我们只用到蛋白文件，就是上一期提取序列的文件“Ptri.protein.fa”。 #使用命令“grep -c ">" Ptri.protein.fa”统计下“>”的个数，发现有52400个。 #新建文件夹“swissprot” wget https://ftp.uniprot.or…

linux系统下安装pfam数据库中hmmer软件以及python3非root用户的安装 http://hmmer.org/从该链接下载源，其中有Userguide.pdf 下载，解压缩并切换目录 之前已下载python3，但是一直没安装成功。 从头开始下载安装参考这篇博客：https:…

视学算法报道 编辑：LRS 【新智元导读】用深度学习模型来预测蛋白质的结构和功能已经取得了不小的进展，但还缺乏优质的数据。最近Google开源了一个模型ProtENN，提供了680万条蛋白质结构数据Pfam-E，约等于之前十年的工作量。 蛋白…

我们知道蛋白一般由一个或多个功能域所组成，在不同蛋白质组合中出现的不同结构域导致了自然界中蛋白质复杂的多样性。鉴定一个蛋白中的结构域有助于更深入地理解蛋白功能。其中Pfam是一个大型蛋白结构域家族的数据库，每个蛋白家族都由多个序列比对和HMMs(hidden Markovmodels…

一、 安装 使用conda安装Pfam_scan $ conda create -n pfam_scan ##可新建一个环境，用于安装pfam-scan $ source activate pfam_scan $ conda install pfam_scan pfam_scan依赖bioperl，因此，通过conda安装简单快捷. 安装hmmer3 , 使用以下命令…

一个基因转录的蛋白质分子中可以包含多个结构特异并且功能不同的区域，这些区域称之为domain，domain 可以看作蛋白质功能的基本单位，蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定，研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能，而具…

欢迎关注”生信修炼手册”! 在蛋白质分子中，包含多个结构特异并且功能区里的区域，这些区域称之为domain， domain 可以看做蛋白质功能的基本单位，蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定。研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能。 Pfam是蛋白质家族的数据库，根据多序列比对…

Pfam网站地址：http://pfam.xfam.org/ 主页面 1. 检索 序列搜索：分析您的蛋白质序列以进行Pfam匹配查看PFAM条目：查看Pfam批注和对齐方式查看一个clan：查看相关条目组查看序列：查看蛋白质序列的结构域组织查看结构&…

简 介 Pfam数据库是一个蛋白质家族的大集合，每个家族都由多个序列比对和隐马尔可夫模型(hmm)表示。蛋白质通常由一个或多个功能区组成，通常称为结构域。不同的结构域组合产生了自然界中发现的各种各样的蛋白质。因此，鉴定发生在蛋白质内部…

2.6 Python虚拟环境 2.6.1 虚拟环境概述 Python应用程序通常会使用不在标准库内的软件包和模块。应用程序有时需要特定版本的库，因为应用程序可能需要修复特定的错误，或者可以使用库的过时版本的接口编写应用程序。 这意味着一个Python安装可能无法满足…

文章目录 一、python环境配置1.官网下载python 安装包后安装2.windows下python环境变量配置3.Windows下虚拟环境创建4.ubuntu 下虚拟环境搭建5 .poetry环境管理 二、pip1.pip和pip3的区别2.pip 源修改3.pip 使用<1> pip freeze<2> pipreqs 4 .pip list里面的包版本…

Anaconda下搭建pytorch 1.安装任意版本的Anaconda2.配置显卡NVIDIA3.查看cuda版本4.创建一个pytorch存放仓库5.安装pytorch6.验证 Python版本&#xff1a;3.7 1.安装任意版本的Anaconda 首先安装anaconda Windows下安装anaconda 进入文件夹&#xff0c;选择对应的anaconda版本…

列表是一个有序且可更改的集合。 如何定义列表 1. 空列表 [] 2.有内容的列表：[a,b,c,], [1,2,3,4] 数据类型： int 1,2,3,4,5 float 1.9, 2.8, 3.4 str 文本类型 bool: True False Python中四种集合数据类型: list 列表 dict 字典 tuple 元组 set 集合 1.创建列…

一、已有Python版本 1.使用以下命令查找系统上所有安装的 Python 版本 ls /usr/bin/python*2.使用以下命令更改 Python 3 的符号链接 sudo update-alternatives --install /usr/bin/python3 python3 /usr/bin/python3.8 13.使用以下命令检查 Python 3 符号链接的当前版本 p…

最近碰见太多次lambda函数了&#xff0c;那就来详细解释一下该函数。 lambda函数 我们先对lambda函数进行一个简单的介绍 lambda函数是一种匿名函数&#xff0c;即没有名字的函数使用lambda保留字定义&#xff0c;函数名是返回结果lambda函数的函数体只是一个表达式lambda函…

在日常生活中&#xff0c;我们总要做出许多选择&#xff0c;在程序的世界中也是一样&#xff1b;在python中的选择语句主要有三种形式if、if…else、if…elif…else。 1.if语句 if语句的基本语法&#xff1a; if 表达式:语句块 表达式可以是一个单纯的布尔值或变量&#xff…

小技巧 如何找到契合你 python 版本的 dilb 版本&#xff1f;&#xff08;这里我的是 python 3.8&#xff09; 官方网上边是没有 3.7 版本往后的 dlib&#xff0c;想要下载其它版本的dlib自己去找了&#xff0c;我这里只有 python 3.8 版本的需要下载的可以点这里 提取码&#…