ATAC-seq ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing）是利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术。 染色质可及性 首先介绍一下什么是染色质可及性。正常情况下，DNA与核小体缠绕折叠在一起…

RNA速率分析是一个非常重要的分析内容，我们这里来深入解析一下这个分析内容（python版本，个人喜欢python），参考网址在Velocyto 安装velocyto其实很简单，直接pip安装 pip install velocyto 至于用法&#xff…

RNAfold子程序实质上是封装在ViennaRNA软件包中。 从https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/#download网站下载ViennaRNA（version1.8.5）源码包，编译安装。安装过程不再细讲。不会的可参照我之前的博客。 运行以下命令批量预测和绘制RNA二级结构图…

1 比对 RNA数据的比对软件，和DNA数据的比对软件有何区别？ 由于转录过程中存在可变剪接，测得的reads有很大一部分跨越不同外显子，所有RNA数据的比对软件要支持reads的splice比对。 Hist2 下载 https://github.com/DaehwanKimLab/…

RNA secondary structure prediction using an ensemble of two-dimensional deep neural networks and transfer learning Year: 2019 Authors: Jaswinder Singh, Jack Hanson, Kuldip Paliwal & Yaoqi Zhou Journal Name: Nature Communications Dataset 初始训练的数…

RNA 丰度是单个细胞状态的有力指标。单细胞 RNA 测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示 RNA 丰度。然而，这种方法仅捕获某个时间点的静态快照，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。在这里，我们表明，RNA 速度&a…

RNA editing 一、reditools软件下载 首先需要安装reditools软件，这是2.0版本的下载链接 wget -c https://github.com/tflati/reditools2.0/archive/master.zip解压 unzip master.zip然后软件就安装好啦 但是我准备安装1.0.3版本，代码如下&#xff1…

​​非编码RNA简介 非编码 RNA (ncRNA) 是由基因组转录而成的不编码蛋白质的 RNA 分子。非编码 RNA 除了在转录和转录后水平上发挥作用外，还在基因表达的表观遗传学调控中发挥重要作用。在真核生物基因组中，大约 90% 的基因是转录基因，在这些转录基因中只有 1-2% 编码蛋白质…

2.软件以及流程以及代码： 本实验使用常规的Tophat2 比对 (1)样本制备、建库：总RNA ---> polyA富集mRNA ---> 打断 ---> 随机引物反转录成cDNA ---> 末端修复、加A、加接头 RNA提取：方法-使用trizol-based方法或者试剂盒方法&…

要理解整个流程，个人觉得可以按数据的四个流程来拆分：高通量测序，准备工作，上游分析，下游分析 【什么是高通量转录组测序】 所谓高通量测序技术是什么？ 顾名思义，就是通量很高（对…

点击上方蓝字关注我们 RNA-seq的建库及分析 1RNA-seq的应用 RNA-seq是目前所有高通量测序中应用最广的一种测序方法，可以应用于一下几个方面； 在各种比较情况下（比如正常组织与肿瘤组织之间），所有基因的表达差异变化 mRNA表达亮的差异 mRNA结构上的差异（可变剪接 融合基因…

背景： SmallRNA（小分子RNA）存在于真核生物细胞核和细胞质中，SmallRNA在细胞的生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色，甚至在癌症等相关疾病形成过程中起着关键的作用。 SmallRNA是一类高度保守的长度在…

文章目录 RNA转录重建1 先简单介绍一下测序相关技术2 Map to Genome Methods2.1 Step1 Mapping reads to the genome2.2 Step2 Deal with spliced reads2.3 Step 3 Resolve individual transcripts and their expression levels 3 Align-de-novo approaches3.1 Step 1: Generat…

RNA-seq是高通量测序中最常见的一种应用，本期视频介绍其：1.方法原理2.生物信息分析 表达差异（1）火山图展示（2）聚类分析（3）GO分析（4）Pathway分析（KEGG分析）结构变异（1）可变剪接（2）融合基因（3）点突变RNA高通量测序（RNA-sequencing,缩写为RNA-seq）是目前高通量…

核酸 (文章) | DNA和RNA结构 | 可汗学院 (khanacademy.org) DNA结构的发现 (文章) | DNA的发现 | 可汗学院 (khanacademy.org) 一、DNA和RNA的构成和基本结构 脱氧核糖核酸（DNA）：如果其五碳糖是脱氧核糖则为脱氧核糖核苷酸，此单…

视频学习笔记 Isoforms at the RNA level are readily characterized by cDNA transcript studies.(secondary structures in cellular RNAs) Alternative RNA splicing In different human tissues, there are four distinctive isoforms of TH for both TH mRNA and protein…

RNA-seq（RNA测序）是一种用于分析转录组的方法，能够对生物样品中的RNA分子进行定量和定性分析。 主要流程包括样品采集、RNA提取、建库、测序和数据分析，具体过程如下： 1. 样品采集和RNA提取 样品采集：RNA-…

【non-coding RNA】 非编码RNA有哪些？ 本文图片来源网络或学术论文，文字部分来源网络与学术论文，仅供学习使用。 目录 【non-coding RNA】 非编码RNA有哪些？ 1、mRNA, tRNA和rRNA 2、长非编码RNA (LncRNA) 3、microRNA (miR…

RNA（核糖核酸）是遗传信息的载体，在基因表达和调控中扮演了重要角色。RNA根据结构和功能的不同，主要可分为以下几大类：编码RNA和非编码RNA。 一、编码RNA（mRNA） **信使RNA（mRNA&…

文章目录 RNARNA plays core functions in Central Dogma of BiologyrRNAsnRNA RNA worldReplication催化作用感知环境变化并作出响应 来自Manolis Kellis教授（MIT计算生物学主任）的课 油管链接：6.047/6.878 Lecture 7 - RNA folding, RNA wo…