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2024/10/7 16:15:24
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21.Arrays类
Arrays类 1. 概述2. 常见方法3. sort 方法的自定义排序4. 代码示例5. 输出结果6. 注意事项 具体信息请查看 API 帮助文档 1. 概述 Arrays类是Java中的一个工具类,位于java.util包中。 它提供了一组静态方法,用于操作数组。通过Arrays类,我们…
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数组Arrays入门
一、数组Arrays的声明、赋值、长度、历遍、输出: 1、一维数组: a、静态:数组存储的数据类型[] 数组名 new 数组存储的数据类型[]{元素1,元素2,……}; 或 数组存储的数据类型[] 数组名 {元素1,元素2,……}; b、动态:数组存储…
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Arrays常用方法(超详解)
博客网站地址: http://xiaohe-blog.top 目录 导包 1.Arrays.toString()方法 2.Arrays.sort()方法 3.Arrays.equals()方法 4.Arrays.binarySearch() 5.Arrays.copyOf() Arrays.sort()降序排列 Collections.reverseOrder() 实现Comparator接口 实现接口之 匿名内部类 …
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基于vegan包对otu表抽平——微生物抽平
抽平:指按照一定数量或样本序列最低数量,将所有样本的序列随机抽取至统一数据量。 简单地说,就是在不同的样本测序数据有差距的时候,保证样本测序序列的均一性。 使用vegan包抽平: 数据准备:准备一个otu…
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利用Excel处理OTU表
1 OTU表数据一维化(使用excel2016版本以上) 现在的数据有2个维度,OTU和样本,接下来我们要把维度降低到一维,只保留OTU这个维度,原样本信息以数据标签的形式标注在值的后面。 选择数据→从表格,…
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ODU帧转OTU帧流程
OTN协议G.709中详细介绍了otu的映射复用等协议,这里简单记录一下ODU到OTU的同级帧映射,不包括低阶ODU到高阶ODTU的支路映射 ODUk帧转OTUk帧 插OH,FA OH和OTUk OH;扩展FEC,38242564080(RS(255,…
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Mothur5进阶_Mothur扩增子基因序列分析_基于OTU或ASV的多样性指数分析
本文主要讲解了使用Mothur软件对扩增子基因序列基于OTU或ASV进行多样性指数分析。 01文件名称的再处理 当比较早期和晚期样本时,最初的问题与这些样本的稳定性和群落结构的变化有关。组名是F或M(动物性别),然后是数字࿰…
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DESeq2筛选差异OTU及绘制火山图
1.DESeq包安装 install.packages("BiocManager") library(BiocManager) BiocManager::install("DESeq2") library(DESeq2) 2.数据准备 共需要两份数据文件 a.OTU丰度表格,otutab.txt;(每一列为一个样本,每一行为一种…
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16S扩增子Qiime2。从fq,fastqc等格式文件到OTU table(更详细)
平台:Ubuntu Linux平台上进行。 在进行16S扩增子实验前,我们需要安装好fastqc,相关教程在我的其他文档,如:在Linux中的qiime2。安装一天的fastqc,找到最好的解决办法-CSDN博客 一、文件要求:1…
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R语言计算并合并各物种的OTU数量
使用R语言快速根据不同物种分类对OTU进行合并计算,今天借助R语言中dplyr包及aggregate函数的肩膀,重新编写了一个简易的一键式函数,可以快速帮助大家完成不同分类,单分类,多分类的OTU一键合并,欢迎大家建议…
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注释表中提取特定的OTU注释行
起因是笔者选取了otu table中的部分otu,另外有全部otu的注释表(taxonomy),有些分析需要保证otu table中的otu数目和taxonomy中otu数目一致,不然就会出现以下报错 接下来是我原始的数据格式 otu table taxonomy表格 所以目的就是筛选taxonomy…
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252体现组间差异OTU模块的微生物网络图
252体现组间差异OTU/模块的微生物网络图 本节作者:李雨泽 西北农林科技大学 版本1.0.4,更新日期:2020年8月23日 本项目永久地址:https://github.com/YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot ,本节目录 252NetworkModule&#x…
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Mothur6_基于OTU的分析
本文主要介绍生物信息学软件 Mothur基于OTU的分析流程。 数据分析 接下来实际分析数据。关注基于OTU的数据集,与使用ASV或phylotypes进行的分析基本相同。另外,请记住,当比较早期和晚期样本时,最初的问题与这些样本的稳定性和群…
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OTN关联开销(电层开销)OTU开销ODU开销OPU开销
目录 1、OTN帧开销总览: 2、OTN帧细节展开 2.1、OTU帧定位信号 2.2、OTU开销 (绿色部分) 2.2.1、OTU开销之段监测SM: 2.2.2、OTU开销之GCC&OSMC&RES: 2.3、ODU开销 (红色部分) 2.3.1、ODU通道监视(PM)开销(复帧结构) 2.3.2、ODU开销之PM&TCM 2.3.…
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OTU分析和作图
韦恩图 Venn venn 图可用于统计多个样品中所共有和独有的OTU 数目,可以比较直观的表现环境样品的OTU 数目组成相似性及重叠情况。通常情况下,分析时选用相似水平为97%的OTU 样品表。 参考文献: Fouts DE, Szpakowski S, Purushe J, Torralba M, Waterman RC, et al. (2012)…
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NAR:扩增子OTU聚类软件SeekDeep方法解读
本文转载自"生信算法",已获授权 微生态种群研究中,16S rRNA是细菌分类研究中最有用和最常用的标签序列,可以很容易地通过测序技术得到序列,故被广泛应用。基于16S序列的微生物多样性分析也是宏基因组领域的重要研究内容…
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光传输网络基础
OTN Optical Transport Network,光传送网。OTN的优势 1.透明传送能力; 2.支持多种客户信号的封装传送; 3.交叉连接的可升级性; 4.强大的带外前向纠错功能(FEC); 5.串连监控(Tand…
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测序数据分析之OTU
1. OTU(Operational Taxonomic Units)操作分类单元:是在是在系统发生学研究或群体遗传学研究中,为了便于进行分析,人为给某一个分类单元(品系,种,属,分组等)设…
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pandoc文件互转
前言 pandoc是一款强大的文档转换工具,本文将为大家介绍一下使用此工具可以进行相互转换的文件格式。 ps:只是小编自己使用过的少数几种,其他的没试过或者有的效果不是很好,例如word转html也是可以实现的,不过没有此文…
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centos安装pandoc
1、首先从官网下载安装包(Release pandoc 3.1.6 jgm/pandoc GitHub) 2、上传到服务器(这里放到 /root目录下了),进行解压 tar -zxvf pandoc-3.1.6-linux-amd64.tar.gz,解压后的文件 3、然后使用命令 ln -s /root/pandoc-3.1.6/bin/pandoc /usr/bin/p…
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