最近公司2个转录组样本mapping 比例在10%，公司的NT数据库比对和结果物种注释脚本稀烂，并不能很好的看出物种比例。于是就有了之前的推文《NCBI blast物种注释》。今天终于有空，将其封为了脚本。 本文中各脚本均不公开，仅对脚本过…

1.问题导向 最近在做某个课题的时候，按老师的要求需要从NCBI中批量下载不同物种的参考基因组，同时收集相应参考基因组的一些组装信息，基因组非常多，导致工作量巨大，一个一个手动收集的话，既费时又费力，这时就想到了用python爬虫来完成这项任务。 2.爬虫思路 2.1找到所…

GEO数据挖掘 1. GEO数据库简介2. 数据下载3. 数据质量检查4. ID转换5. 数据探索5.1 PCA分析5.2 hclust聚类5.3 limma包进行差异分析5.3.1 热图5.3.2 火山图 5.4 GO and KEGG 生信菜鸟一枚，记录下学习生信技能树GEO数据挖掘相关视频的学习笔记。 1. GEO数据库简介 …

第一步、找到目的文件下载： 1、登录NCBI网站（https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov或者https://www.ncbi.nlm.nih.gov） ##FTP：文件传输协议FTP，它支持不同种类主机系统之间的文件传输 ##WWW：万维网www是一个大规…

NR | 拆分库 - 简书 文章首先参考了上面的链接，但是里面并没有给出大概的代码过程，这里分享一下自己的代码。 让我们先看一看Nr库里面的数据长什么样。一组数据有两行，第一行是基础信息，符号>之后类似于MBR5368159.1格式的是…

一、安装好Entrez Driect 见：http://www.cnblogs.com/lmt921108/p/8087474.html 二、在NCBI官网找到需要下载的文件的accession号 二.创建bash脚本文件 1.下载全基因组fasta序列(get_comseq.sh) 1 #!/bin/bash2 3 cat $1 | while read line4 do5 efetch -db nucleot…

举例如下： Accession number:20173504089490 含义： 其中1-4位代表年份，5-6位代表本年度的第几周，7-8位代表类别。 Accession number：20173504089490 2017是2017年，35是第35周，也就是这篇论文…

根据 accession number从NCBI下载FASTQ/FASTA格式的测序数据（pig） 1. 打开NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），输入accession number搜索，我查阅一些文献是关于通城猪的（SRX510749 ）（Li X, et al. 2014. Genome-wide scans to detect positive selection in Large…

本文介绍的是关于Refseq生物基因组数据库库，如何从物种的accesion id 转化到具体的 taxonomy lineage的方法： 下载Refseq的完整基因组数据 我们可以通过ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/complete/ 来下载完整的基因组数据，从htt…

转换工具：https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php RefSeq Protein Accession RefSeq Protein Info YP_009227197 YP_009227197 [Seq_length: 168] [Division: VRL] [Organism: Zika virus] [Definition: membrane glycoprotein precursor M [Zika virus].…

【生物信息学学习】第一天：生物数据库使用 生物数据库一、文献搜索（PubMed）1. 什么是PubMed2. PubMed存在的问题 二、一级核酸数据库1. GenBank解读GenBank 2. ENA3. DDBJ4. INSDC5. 基因组数据库Ensemble6. 微生物宏基因组数据库JCVI 三、二…

文章目录 1. ENA 数据库的检索功能1. 简单搜索2. 复杂搜索 2. ENA 数据库中的accession的详细信息下载3. ENA 数据库中的accession的序列下载 学生物的大概都会用到EBI数据库，而其中的ENA数据库更是包含着丰度的序列信息，那么怎么获取他们呢？…

Solid Converter PDF10.1Crack,将pdf表转换为可编辑的Excel文档 Solid Converter PDF是Solid Documents的软件，可将PDF文档转换为Word，Excel，PowerPoint，HTML或纯文本文件，以及从任何可打印程序创建PDF。轻松将您的pdf…

参考：https://blog.csdn.net/HUANGQIN19880508/article/details/84523608 1.安装和配置java环境，参考：https://blog.csdn.net/done58/article/details/51138057 2.安装python 3.安装homebrew,通过brew安装 brew install jython 4.python…

下载地址：https://www.mvnjar.com/org.python/jython-installer/2.7.1/detail.html 官网：https://www.jython.org/download 安装： 1、 2、 3、 4、 5、 6、next 7、 8、 安装过程傻瓜式的，没有什么特别注意点 接下来重点&…

导学 1、JMeter编写Python的前置：依赖什么jar包、在哪里写？ 2、Jython是什么？有什么特点？以及Jython中的Python有哪些需要注意的？ 3、JMeter编写Python需要注意什么？ 介绍 Jython是Python和Java的结合。…

Jython3 项目安装与使用文档 jython3 A sandboxed attempt at v3 (not maintained) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/jy/jython3 1. 项目目录结构及介绍 Jython3 项目的主要目录结构如下： jython3/ ├── Demo/ # 示例代码目录 ├…

简单记录一下如何使用jython jython是什么? 摘自百度百科 Jython是一种完整的语言，而不是一个Java翻译器或仅仅是一个Python编译器，它是一个Python语言在Java中的完全实现。 jython如何使用? 官方给出了几种方式,可以安装,可以用依赖导入,我选取mave…

maven导入： org.python jython-standalone 2.7.2 准备python文件test2.py： #!/usr/bin/env python3 # codingutf-8 xyzhello python abc1234 class Result: s r 0.0 def __init__(self, s, r): self.s s self.r r def func_cls(x, y): print(py fun…

看书和资料的时候意外发现了jython。 Jython是一种完整的语言，而不是一个Java翻译器或仅仅是一个Python编译器， 它是一个Python语言在Java中的完全实现。Jython也有很多从CPython中继承的模块库。 最有趣的事情是Jython不像CPython或其他任何高级语言&am…