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将NR数据库diamond比对结果做物种注释
更新：
复制了评论——from Xiefocus:
建库的时候加入物种信息应该就好了吧，我是这样建库的，输出的时候选择-6格式，就能输出带有物种信息的比对表
diamond makedb --in db_nr/nr_plants/plants.nr.fa.gz --db db_nr/db_nr_pla…
干货分享 | Windows系统下载SRA数据方法——生信小白亲测可行
在开展二代测序相关课题研究时，经常需要上传或者下载SRA数据库中的数据，对熟悉Linux系统、懂代码的同学们来说是非常容易的事情。但像小编这一类看到代码两眼一抹黑的小白就有点难度了，尤其电脑还是Windows系统。那是不是我就无能为力了&…
生信数据库ID大总结-想踏入生信大门的你值得拥有
花了差不多一周写了这个总结 希望对一些小伙伴有帮助 目录 各大生信资源的使用流行程度 生信数据库的霸主-NCBI以及Entrez检索系统 Gene查找好帮手-Entrez Gene数据库 人类基因命名委员会-HGNC Ensembl计划 NCBI非冗余序列数据库-RefSeq NCBI核酸序列数据库-GenBank 蛋白质序列…
批量下载获取NCBI SRA的公共数据（raw reads/assembly等）
收集好需要下载的raw reads/assembly的accession number号，以及accession number对应的Bioproject号。 进入SRA Explorer网站： SRA Explorer (sra-explorer.info)，在红色箭头处输入Bioproject号。 选择需要下载的Accession，并add …
多模态多组学病理AI开源项目分享｜文献速递·24-09-04
小罗碎碎念 本期推文主题：多模态病理AI 一、人工智能在肝细胞癌治疗中的应用：预测阿特珠单抗-贝伐珠单抗联合治疗反应的生物标志物研究 一作&通讯 作者角色作者姓名单位名称（中文）单位名称（英文）第一作…
工具：如何在国内高速下载SRA
如何在国内高速下载SRA
下载公共测序数据，一般是通过在NCBI上搜索到study的Run SRA号，然后使用NCBI提供的prefetch下载数据，但因NCBI国内访问较为缓慢导致下载速度巨慢，因此推荐使用EBI提供的enaBrowserToolsAspera的方式从ENA下…
【自用推文】NCBI blast物种注释2
最近公司2个转录组样本mapping 比例在10%，公司的NT数据库比对和结果物种注释脚本稀烂，并不能很好的看出物种比例。于是就有了之前的推文《NCBI blast物种注释》。今天终于有空，将其封为了脚本。
本文中各脚本均不公开，仅对脚本过…
![[爬虫实战]利用python快速爬取NCBI中参考基因组assembly的相关信息](http://pic.002.xiahunao.cn/pnds/[爬虫实战]利用python快速爬取NCBI中参考基因组assembly的相关信息)
[爬虫实战]利用python快速爬取NCBI中参考基因组assembly的相关信息
1.问题导向 最近在做某个课题的时候，按老师的要求需要从NCBI中批量下载不同物种的参考基因组，同时收集相应参考基因组的一些组装信息，基因组非常多，导致工作量巨大，一个一个手动收集的话，既费时又费力，这时就想到了用python爬虫来完成这项任务。
2.爬虫思路
2.1找到所…
GEO数据挖掘（学习笔记）
GEO数据挖掘 1. GEO数据库简介2. 数据下载3. 数据质量检查4. ID转换5. 数据探索5.1 PCA分析5.2 hclust聚类5.3 limma包进行差异分析5.3.1 热图5.3.2 火山图 5.4 GO and KEGG 生信菜鸟一枚，记录下学习生信技能树GEO数据挖掘相关视频的学习笔记。
1. GEO数据库简介
…
前10)
下载Synechococcus elongatus UTEX 2973（accession no.为GCA_000817325.1 ）的基因组注释文件，统计其中染色体序列(CP006471.1)前10
第一步、找到目的文件下载：
1、登录NCBI网站（https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov或者https://www.ncbi.nlm.nih.gov）
##FTP：文件传输协议FTP，它支持不同种类主机系统之间的文件传输
##WWW：万维网www是一个大规…
如何手动拆分Nr数据库（持续更新）
NR | 拆分库 - 简书
文章首先参考了上面的链接，但是里面并没有给出大概的代码过程，这里分享一下自己的代码。
让我们先看一看Nr库里面的数据长什么样。一组数据有两行，第一行是基础信息，符号>之后类似于MBR5368159.1格式的是…
利用毒株的accession号，批量下载fasta格式的文件
一、安装好Entrez Driect 见：http://www.cnblogs.com/lmt921108/p/8087474.html 二、在NCBI官网找到需要下载的文件的accession号 二.创建bash脚本文件 1.下载全基因组fasta序列(get_comseq.sh) 1 #!/bin/bash2 3 cat $1 | while read line4 do5 efetch -db nucleot…
【论文写作】EI收录号Accession number中的数字的含义
举例如下：
Accession number:20173504089490
含义：
其中1-4位代表年份，5-6位代表本年度的第几周，7-8位代表类别。
Accession number：20173504089490 2017是2017年，35是第35周，也就是这篇论文…
如何根据SRA accession number 从NCBI下载数据
根据 accession number从NCBI下载FASTQ/FASTA格式的测序数据（pig）
1. 打开NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），输入accession number搜索，我查阅一些文献是关于通城猪的（SRX510749 ）（Li X, et al. 2014. Genome-wide scans to detect positive selection in Large…
Refseq : accession id to taxonomy lineage.
本文介绍的是关于Refseq生物基因组数据库库，如何从物种的accesion id 转化到具体的 taxonomy lineage的方法： 下载Refseq的完整基因组数据
我们可以通过ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/complete/ 来下载完整的基因组数据，从htt…
RefSeq Protein Accession转换为蛋白质（YP_009227197转换成Protein）
转换工具：https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php
RefSeq Protein Accession RefSeq Protein Info YP_009227197 YP_009227197 [Seq_length: 168] [Division: VRL] [Organism: Zika virus] [Definition: membrane glycoprotein precursor M [Zika virus].…
【生物信息学学习】第一天：生物数据库使用
【生物信息学学习】第一天：生物数据库使用 生物数据库一、文献搜索（PubMed）1. 什么是PubMed2. PubMed存在的问题 二、一级核酸数据库1. GenBank解读GenBank 2. ENA3. DDBJ4. INSDC5. 基因组数据库Ensemble6. 微生物宏基因组数据库JCVI 三、二…
从EBI中ENA数据库下载原始数据accession的详细信息以及序列
文章目录 1. ENA 数据库的检索功能1. 简单搜索2. 复杂搜索 2. ENA 数据库中的accession的详细信息下载3. ENA 数据库中的accession的序列下载 学生物的大概都会用到EBI数据库，而其中的ENA数据库更是包含着丰度的序列信息，那么怎么获取他们呢？…
Solid Converter PDF10.1Crack,将pdf表转换为可编辑的Excel文档
Solid Converter PDF10.1Crack,将pdf表转换为可编辑的Excel文档 Solid Converter PDF是Solid Documents的软件，可将PDF文档转换为Word，Excel，PowerPoint，HTML或纯文本文件，以及从任何可打印程序创建PDF。轻松将您的pdf…
Mac系统Jython安装与使用
参考：https://blog.csdn.net/HUANGQIN19880508/article/details/84523608
1.安装和配置java环境，参考：https://blog.csdn.net/done58/article/details/51138057
2.安装python
3.安装homebrew,通过brew安装
brew install jython
4.python…
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